25.11.1884 – 20.06.1946
Доктор медицинских наук, профессор, заведующий кафедрой инфекционных болезней Казанского государственного института усовершенствования врачей имени В.И. Ленина
Заслуженный деятель науки РСФСР (22.06.1940)

Родился 25 ноября 1884 года в городе Самаре.
После окончания медицинского факультета Казанского университета работал врачом-ординатором и сверхштатным ассистентом в детской клинике. В 1914-1917 годах в качестве военного врача участвовал в Первой мировой войне. После февральской революции вернулся в Казань. В 1918 году возглавил Первую городскую детскую больницу. В последующем учреждение было преобразовано в 1-ю инфекционную больницу, которой А.Ф. Агафонов руководил до конца жизни.
В декабре 1927 году избран заведующим кафедрой инфекционных болезней Казанского государственного института усовершенствования врачей имени В.И. Ленина. Одновременно с 1931 года был профессором и заведующим кафедрой детских инфекций Казанского государственного медицинского института. В 1939 года был заместителем наркома здравоохранения Татарской АССР. С июля 1943 года по апрель 1944 года – директор Центрального педиатрического института Минздрава РСФСР.
Избирался депутатом Верховного Совета РСФСР 1-го созыва, депутатом Казанского городского Совета депутатов трудящихся.
Награждён орденом Ленина (23.06.1940).
Умер 20 июня 1946 года. Похоронен на Арском кладбище в городе Казань.
